Jonyafei's blog

在多相电催化体系（如OER、ORR）计算中，经常需要计算吉布斯自由能及不同电势下的自由能变化，并绘制台阶图。由于手动复制粘贴电子能及自由能校正数据、手动计算U=1.23eV下的自由能繁琐且容易出错。为了偷懒，写了个Python小程序，可以方便快速地提取并计算出过电势，绘制出台阶图。

在多相催化体系计算中，经常会讨论原子间的成键相互作用，比如吸附原子与金属原子间的COHP(Crystal Orbital Hamilton Populations)，但lobster计算输出文件COHPCAR.lobster经常包含多个轨道作用，手动提取比较繁琐。使用wxdragon尽管可以查看相应的轨道作用，但无法一次性导出多组数据。为了偷懒，写了个Python小程序，可以方便快速地根据需要查看和输出指定轨道的COHP及ICOHP数据。

在做化学键分析时经常会用到径向分布函数RDF，为了省事，写了个Python脚本快速计算出相应原子或离子的RDF。

作为计算化学工作者，工作中经常需要绘制势能面剖面图，采用Origin绘制大量这种图时显得特别耗时。本文基于Python中的matplotlib库编写了一键生成势能面剖面图的脚本，可画出平滑曲线图和实虚线相间的折线图。

Shell脚本和编程语言很相似，也有变量和流程控制语句，但Shell脚本是解释执行的，不需要编译，Shell程序从脚本中一行一行读取并执行这些命令，相当于一个用户把脚本中的命令一行一行敲到Shell提示符下执行。

简介

• Markdown文件以.md为后缀名，语法简单清晰，是Hexo博客环境下博客写作的常用文件。本文将简要介绍Markdown常用的语法结构，希望能对读者有所帮助。

PyMol可以作出非常漂亮的蛋白质结构图，是一款很好用的画蛋白图像的软件。我在这里总结了PyMol的一些常用命令。

本文基于shell语言编写了提取Gaussian计算输出文件中的能量数据的脚本。

本文基于Python和shell脚本语法编写了根据CONTCAR/POSCAR文件批量计算键长的脚本。

VASP频率计算完成后，每次都需要调用vaspkit，依次输入命令代码来产生零点能校正、焓变与熵变校正，较为繁琐。本文基于shell脚本语法编写了批处理频率分析脚本。