VMD之tcl命令操作

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VMD是一款非常强大的图像显示与处理软件，利用tcl语言更能精确和批量处理数据和连续操作。

  1. 选择命令
    segname、 chain、resname、resid、name，逻辑符号 and 、or、not

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    resid 23 26  #与PyMol不同的时残基号或残基名用空格隔开，而不是加号隔开；
    set keyres [atomselect top "resid 23 26"] #选择当前top分子的23号和26号残基，赋值给变量keyres；
    set sele [atomselect top "(chain A and resid 9 12) or (chain B and resid 69) or resname ATP"] #选择A链的9号和12号残基、B链的69号残基和残基名为ATP的小分子，赋值给变量sele；
    within 3 of name FE  #选择距离铁原子3埃以内的所有原子；

  2. $后面紧跟变量名，即可调用变量；

  3. 叠合蛋白
    打开两个蛋白分子 0和1

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    set sel1 [atomselect 0 "(resid 6 to 69) or (resid 136 to 182) or (resid 191 to 490) or (resid 510 to 571)"]
    set sel2 [atomselect 1 "(resid 6 to 69) or (resid 136 to 182) or (resid 191 to 490) or (resid 510 to 571)"]
    measure fit $sel1 $sel2  #得到作用在atomselect1上，能使之与atomselect2的RMSD最小的4x4变换矩阵，$sel1和$sel2 的原子数必须相同
    set selA [atomselect top all]
    $selA move {{0.1422639936208725 -0.9620456099510193 0.2328716367483139 -58.52397537231445} {-0.8745085000991821 -0.011953948065638542 0.48486289381980896 5.95578670501709} {-0.46367648243904114 -0.27262675762176514 -0.8430176377296448 -26.034162521362305} {0.0 0.0 0.0 1.0}}
    # 根据矩阵移动
    set sel8 [atomselect 6 protein]
    $sel8 writepdb 3LC6-A-prot.pdb

  4. 如何从晶体结构中挖出活性中心做QM计算？
    比如从pdb结构中挖出球棍模型显示的活性中心结构，残基号为33 57 58 79 103 160 187 188 189 190 23
    命令如下，打开VMD TkConsole控制窗口，选择残基号，赋给变量activesite，然后输出为activesite.pdb，再用GaussView打开，删除与alpha碳相连的氨基和羰基，保留alpha碳及侧链，加氢饱和碳原子。可固定alpha碳原子进行Gaussian优化。

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    >>> set activesite [atomselect top "resid 33 57 58 79 103 160 187 188 189 190 23"]
    >>> $activesite num
    >>> $activesite writepdb activesite.pdb