Python脚本计算RDF

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在做化学键分析时经常会用到径向分布函数RDF，为了省事，写了个Python脚本快速计算出相应原子或离子的RDF。

文献中经常见到原子的径向分布函数图，是如何画出的呢？本文将进行简要介绍。
RDF
图片来源于Inorg. Chem. 2016, 55, 9, 4616-4625.

首先进行指定原子或离子的单点计算。
ADF输入文件大体如下：

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$ADFBIN/adf -n 10 << eor   1>out.Os  2>eor.Os
ATOMS
Os       0.000000    0.000000    0.000000
END
CHARGE   0
Occupations Smear=0.01
EPRINT
OrbPopER -50 10
SCF Print Eigvec
END
XC
GGA PBE
END
!Relativistic SpinOrbit ZORA
RELATIVISTIC scalar ZORA
SCF
!mixing=0.05
!diis ok=0.0001 cyc=80
iterations 250
END
BASIS
TYPE TZ2P
CORE none
END
END INPUT
eor
mv -f TAPE21 t21.Os

ADF运算完成后，会产生out.Os文件。
运行python脚本，指定ADF的输出文件及要画的轨道: python RDF_analysis.py filename orbital

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python RDF_analysis.py out.Os 5d

脚本运行结束，会产生相应的RDF数据文件，可导入到画图软件中作图。

RDF计算公式：
RDF_calc

脚本下载

点击下载代码RDF_analysis.py

下面的脚本 将ADF输入文件嵌入到python脚本中，直接运行脚本即可，但需视情况修改脚本中的ADF提交命令。

脚本下载

点击下载代码RDF.py